即便在现代社会，国家与宗教组织的关系也是一个不容易处理的问题。1997年俄罗斯颁布的《宗教团体与良知自由法》，在第4条“国家和宗教组织”中，对于宗教组织的职能予以了明确界定，其中既有保护性条款，也有限制性条款，其中有个宗教组织不得履行国家政府职能的规定，值得认真研习。

对于宗教组织的保护，该法有许多明文规定。例如，政府不能干预宗教组织的内部事务：根据宗教组织同国家分离的宪法原则，宗教组织得“依照自己特殊的教阶和机构体制建立并从事自己的活动，按照自身的规定选拔、任命和撤换自己的人员”。也就是说，宗教组织的内部事务，如宗教活动、人员安排等，都由宗教组织自行安排。对于谁出任教会的主教、谁担任协会的主席或理事等，政府不能越俎代庖，也不必为此殚精竭虑。又如，宗教信徒可以参加国家政治事务：“宗教组织同国家的分离并不限制宗教组织成员的权利，他们同其他公民权利平等，可以参加国家事务的管理、参加国家政权机构和地方自治管理机构的选举、参加政党、政治运动和其它社会团体的活动。”很多政治活动，宗教组织不能直接参加，但宗教信徒与其他公民一样，具有平等参与国家政治事务的权利。

与此同时，俄罗斯的《宗教团体与良知自由法》对宗教组织的职能也有一些明确的限制，如宗教组织“不能参加国家政权机构和地方自治管理机构的选举”，宗教组织“不能参加政党和政治运动的活动，不向这些组织和活动提供物质和其它帮助”等。在这些限制性条款中，特别值得注意的一条，是“国家不责成宗教组织履行国家政权机构、其它国家机构、国家机关和地方自治管理机构的职能”。

宗教组织履行一定的国家职能，这在具有国教传统的国家，以及在宗教寡头垄断的国家，都不鲜见。例如在北欧一些具有国教传统的国家，居民死亡之后，都要到教堂处理后事，教堂因此具有了人口统计的功能，由教会统计出的国民死亡人数，就是官方数据。

另外较为常见的是，在由几种政府许可的宗教垄断宗教市场，也就是宗教寡头市场的格局下，得到政府许可的宗教组织往往也要承担一些国家职能，特别是与宗教事务相关的国家职能。其中比较常见的一项职能，就是宗教团体的认定与登记。在这种模式下，一家寺庙或者教会，如要获得政府的合法登记，首先必须加入政府许可的宗教组织。在由宗教组织对该寺庙或教会予以资格审定后，该寺庙或教会才有资格向政府机构申请合法登记，以冀成为合法的宗教团体。这样，具有审核资格的宗教组织，就履行了一定的国家职能，具有半国家机构的性质。

俄罗斯宗教法对宗教组织此类职能的限制，避免了因此而可能升起的弊端。一者，宗教组织履行政府职能，模糊了政教分离的原则，将政府的一部分职权给了宗教组织，削弱了政府对社会事务的控制力；政府有时候还不得不讨好垄断性的宗教组织，或者要用很大的行政成本，控制宗教组织；这有可能使宗教组织成为异化于政府的机构，甚至尾大不掉；二，垄断性的宗教组织很容易对申请登记的宗教团体赏同罚异；在宗教问题上，一般说来，宗教组织较政府具有更多的倾向性，宗教组织在行使审核权时，很容易倾向于与本组织关系好的团体，破坏宗教平等原则，伤及宗教多元；而在现代社会，宗教多元是应对宗教垄断与独大的核心；三者，垄断性宗教组织很容易在行使审核权中寻租，也就是谋取不正当的利益，滋生官僚主义，损害宗教组织与政府的声誉。

俄罗斯的《宗教团体与良知自由法》一方面对宗教组织的职能予以保障，另一方面也明文禁止其履行政府职能，较好地体现了政教分离的原则，对于俄罗斯社会的现代转型发挥了积极作用。