马英九执政以来，一再强调「以台湾为主，对人民有利」，张显了马政府施政的思维与依据。马英九在两岸问题上虽推动了大三通、官员互访、陆资观光客赴台，但是在意识型态的问题上仍戒慎戒惧步步为营，以顺应民意。

当胡锦涛提出两岸在「一个中国」原则下增进政治互信，弘扬中华文化，维护国家主权协商涉外事务，结束敌对状态，达致和平协议，马英九即以「九二共识」回应之，强调「要发扬台湾特色的中华文化，要维护台湾主权及利益，扩大国际参与」，并强调以台湾精神为阐述的主调，此与北京最大的不同乃是中华文化到了台湾，变成了「有台湾特色的中华文化」，效法北京所说「有中国特色的社会主义」，有了本质变化。

中华文化是经由五千年萃炼传承下来的，马英九强调的台湾特色的中华文化，是否是天因政治社会环境不同而有所变化，或者是马英九如此提出乃是要与大陆有所区隔﹖马英九强调台湾精神是凸显了台湾人的核心价值，如此立论让人误解实是窄化了中华文化，定于台湾只有台湾特色及台湾精神。

是以，马英九呼吁大陆要耐心以待，因两岸认知差距甚大，不能站在同一阵线唱同一首曲调。台湾民众担心两岸和平发展的同时，台湾主权与利益受损；其次民进党路线的坚持，认为马政府的两岸政策有卖台的危机，因之民进党的疑虑与诉求成了两岸和平发展的最大政治障碍，这也就是为何马英九也要采纳民进党的语言来安抚绿营人士。

两岸认知的差距还在于大陆认为两岸经已和平发展，而台湾认为两岸终必一战的台独思维，以至马英九在双十的谈话强调面对大陆军事威胁，要防卫固守、有效吓阻、不畏战也不求战。

此外，在大陆认为民族利益高于一切，台湾则强调台湾主权和台湾利益至上，政权的生存为重要的前题，所以两岸的角度不同，难有共识。

马英九以台湾优先维护台湾权益的的立场符合台湾民意，却造成两岸的分歧，因为两岸的差距与疑虑有其历史因素，不可能一步跨越，旦夕消弭，将来两岸的和平发展双方需抱持耐心，正视现实，循序渐进求同化异。

马英九以蒋经国为师，蒋经国时代以「大有为政府」为目标，唯马英九的主张在一些泛蓝的眼中，认为是划地自限，看不出马英九是大有为之君，因为马的施政愿景仅在于维持两岸的现状而自满也，在肯定两岸朝向和平方向发展的同时，更用心于张显两岸的一边一国。马英九高票当选总统应有更恢宏的格局，以及更宏大的愿景，若能以中华文化作为杆杆，以中华民国在台湾的成就来联结两岸，在任内能与大陆达致建立军事互信机制，签定两岸和平协议，两岸领导人共为两岸和平所作的努力，不但可获得诺贝尔和平奖，更是写下历史光辉的一页。