準總統馬英九點名台聯前立委賴幸媛出任陸委會主委，讓許多外界人士跌破眼鏡，不少國民黨立委和深藍的愛國同心會都高分貝反對，質疑是李登輝路線復辟。但台聯在立委選前清黨轉型後，路線其實已經不是問題；賴幸媛出掌陸委會，最大的挑戰恐怕來自她自己。
    　早在馬英九剛剛當選總統後，政治圈就不斷傳出賴幸媛一定會入閣的消息，但是大都認為賴幸媛可能會出任環保、勞工或是經濟相關部會的首長或副手，轉個彎卻變成了陸委會主委，讓人覺得「馬英九很大膽」。
    　過去台聯一直給人台獨的印象，但是在北高市長、市議員雙雙敗選後，台聯前主席蘇進強退出台聯，由現任主席黃昆輝接手後，台聯就已經不是過去的那個「台獨台聯」了！台聯這個轉型過程，賴幸媛扮演著極為關鍵的角色，包括前立委廖本煙、黃宗源遭台聯開除黨籍，就被外界解讀是因為長期與賴幸媛不和所致，也引爆出廖、黃兩人後來指控賴幸媛引紅衫軍入台聯的種種風波。
    　從舊台聯到新台聯，台聯已然揚棄了過去堅守的「台獨」基本價值。而賴幸媛曾與馬英九會面，在立法院內也與藍軍立委有所合作，賴幸媛能被馬英九選任陸委會主委，其實並沒有想像中的「衝突」，至少在兩岸的統獨立場上，雙方已非南轅北轍。
    　和賴幸媛熟悉的的前台聯人士指出，賴幸媛出任陸委會主委，她的個人特質反而才是令人擔憂的問題。賴幸媛在立委任內，曾經無數次的在立法院會議中對官員開砲，在黨團內部也與其他立委不合，在黨內外都少有真正可以結盟的朋友，這對於出掌一個需要極高協調能力的陸委會來說，恐怕是一大挑戰。
    　此外，去年七月間，賴幸媛國會辦公室爆發的助理集體離職潮，還傳出賴幸媛的蔡姓友人賞了助理一個耳光，不但讓賴幸媛與助理間勞雇關係的問題搬上檯面，也讓賴幸媛在勞工議題上長期建立的形象嚴重受損。
    未來賴幸媛入主陸委會，在立法院接受質詢時，會不會演變為主委與立委對罵，甚至在陸委會的對內關係上，引發下屬的不滿，都還有待時間的考驗。
    　無論如何，馬英九用具有專業形象的賴幸媛擔任陸委會主委，還是一記高招，不僅捧了李登輝的場、平衡了內閣中女性的比例、給了綠營支持者一個交代，同時還藉由賴幸媛與李登輝的關係，來與準海基會董事長江丙坤等人抗衡。對馬英九來說，這可能是一步好棋，但是對台灣、對兩岸是否也是如此？就端看賴幸媛上任後的表現了。