古今中外情治首長都是要為最高領導人服務的，甚至國民黨當年的情報頭子戴雨農說：我們是領袖忠心的狗。而馬英九的新政府留任國安局、軍情局、調查局三個局長，尤其是國安局長許惠祐令人費解。對外的說法是現任國安局長許惠祐之所以暫時留任，與五二○新總統就職的安全工作有關，仍須有所借重，故在「安定為要」的考量下，暫不調整職務。但是否真實如此，要看未來的發展。
許惠祐「真的很想留任」，而且他亦曾告知媒體圈友人「想留任的理由」，且是一個很奇怪的理由。許惠祐並對友人言及，有些先進國家的情治首長是任期制，不管總統是否換，情治首長都會做到任期屆滿，不會因任期內總統換人，情治首長便跟著異動，這種制度的好處，是情治首長會說真話，但是台灣情治首長並不是任期制。雖說胡為真任職國安局呼聲極高，許惠祐只是「暫時留任」，不過，許等於也爭取到兩、三個月表現時間，並不是沒有續任機會，「只要人事還未發布，就有各種可能性」。因此，「安定為要」的情治首長人事，七月底始能明朗化。但是外界更懷疑馬英九的用人策略與路線。
國安局長許惠祐何許人？
新任“國安局長”許惠祐是臺灣政大法學博士，曾赴德國慕尼克大學進修。1981年起擔任十年地院法官，1991年在海基會首任秘書長陳長文引薦下，出任海基會法律服務處處長，開始涉足兩岸事務，歷任海基會副秘書長、臺灣“陸委會副主委”及海基會秘書長等職。
早年兩岸大小談判，包括1992年雙方就“一個中國，各自表述”達成共識的“九二香港會談”，許惠祐幾乎無役不與。2004年5月許惠祐轉任臺灣“海巡署署長”，在海基會為他舉辦的歡送茶會中，海基會前董事長辜振甫就以“兩岸兩會發生的大事，沒有一樣不參與”，形容許在兩岸關係中的角色。在兩岸事務中，許惠佑向來被視為“鷹派”。作為1992年“香港會談”的與談人，許惠祐一向堅稱兩岸從未就“一個中國”達成共識。2003年臺灣修訂“兩岸關係條例”，臺灣“陸委會”鑒於兩岸兩會協商中斷多年，在雙方談判架構中另外納入複委託機制。另外，將許惠佑歸類為李登輝的人馬，可說是島內政壇共識；尤其派系分明的民進党，各方在論字排輩時，也從沒把許當作“自己人”。不過許的政治身段十分柔軟，政權更替後還是掙到新設立未久的“海巡署署長”，得以跨入情治和“國安”業務的實務範圍。
他是臺灣“國安局”成立以來，第一位文人出身的“局長”。這個位置軍文並用，軍職是二級上將編階，以五十五歲當上“局長”，就年紀與輩分，無論放在軍系，或是放在政界，都可說三兩步就躍上巔峰。許在3月22日總統大選結果確定後曾經向總統府請辭待命，後來國安局內又傳出國安局長不必隨政黨輪替的說法，引發「求官」揣測，但許惠祐駁斥這不是他的作風；如今確定許惠祐可能獲馬政府留任，令人看不懂馬英九的佈局。
許惠祐的爭議不只在對兩岸事務的立場，他在海巡署長任內，爆發海巡署官員對女國會助理性騷擾，許在場卻視而不見情事，因此遭立委砲轟。增設海巡反恐特勤隊，擴大海巡署職權。為了節省艦艇武器維護，又把艇艏機砲用木桿替代，假裝是砲身。322總統大選後，許向扁提出請辭待命，是否是跟舊總統劃清界線？
為何情治首長都留任？
針對國安局長許惠祐暫時留任一事，前國安局長丁渝洲表示，重點不在「人」，而是情治機關應國家化，不管誰當總統，情治機關都應效忠國家；丁渝洲說，新總統馬英九守法，情治機關在其任內，最有機會邁向國家化。但是過去的情治首長都只聽總統的，難道馬英九可以突破人性，完全讓情治機構屬於國家？如果不是，那國安局長留任一定是留下一些獨屬於馬英九的情資，才能方便選後安定局勢，至於是什麼，就只有馬與許知道。
也有人說新政府的國安情治首長，只是暫時留任，由於調查局長葉盛茂七月底屆齡，必須交棒退休，屆時情治首長人事可望有所調整；包括國安局長也可能在八月左右進行更替，前國安會副祕書長胡為真仍是熱門人選。馬陣營的確較中意前國安會副祕書長胡為真出掌國安局，胡為真本來在美國哈佛大進修，馬營最近已把他從美國叫了回來，也有人明確告知胡，準備接國安局長職位。另外過去的副局長胡鎮球與其親弟退輔會主委胡鎮浦也是報派人選之一。
馬英九要洗刷親中的形象
扁政府也有一位專精日本的國安會諮詢委員林成蔚，在國安會內部安排一位日本研究專家，已成為兩任政府的慣例。內定擔任總統府國安會諮詢委員的現任台大政治系教授楊永明，日文流利，是台灣少數專精日本區域研究的學者。十二號表示，馬英九連續兩年訪問日本，本身甚至努力地學習日文，馬英九一定以務實理性的態度來處理任何與日本可能的爭議問題，更會讓日本對馬英九過於「親中」的印象完全改觀。所以在政治上馬英九不但不想親中，還希望洗刷國民黨【親中】的形象。
當馬英九當選與公投沒過，北京也同時鬆了一口氣，避免了立即與台灣以及美國攤牌的危機，爭取到經濟繼續發展的時間，北京初期表現出來的態度是友善的，但摸不準馬英九的步調會多快多久，現在看得出來，借大陸拉拔台灣經濟是馬英九政府的首要目標，而大陸政策被當成最有效的發動機，先把經濟搞起來，但若要凝聚國內共識，終止朝野對國家認同的惡鬥，不僅僅是靠弄好經濟就足夠滿足在野黨的，馬政府必須要在不損及台灣尊嚴的前提上，在國際空間與外交休兵問題上，拿得出具體成績，而這就碰觸到敏感的一個中國主權問題。
而在和平協議與武力威脅上，如果以減少美國軍購來交換撤飛彈，這意味著台灣離開美國安全保護勢力，傾斜中國，對華盛頓來說，很難坐視的；但如果在和平協議中台灣要拉住美國背書，乃至軍備查核上，要美國擔任公正第三者，北京絕對也不能接受。
事實上大陸內政問題多，疆獨藏獨、奧運、大地震，接二連三的事故已經有人在抱怨，憑甚麼給台灣經濟甜頭，卻讓台灣堅持「兩個中國」？馬英九想借助大陸發展經濟，卻用李登輝的人做陸委會主委、國安局局長做煞車皮，北京當局要給人民什麼理由平白寵愛台灣的馬英九？
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