作为政治学领域最具创造性和争议性的人物之一，亨廷顿的著作丰富了当代社会科学的语言， 给地球上不同地方的人们带来难以回避的思考，也引发了激烈争议，不过现在他可以远离话语的的硝烟，安静休息了。

    亨廷顿最著名的作品无疑是《文明的冲突？》。在那里他令人侧目地提出冷战后将决定和影响世界秩序的，不是意识形态、民主或者政治体制，而是那些更古老的、和自然关系更紧密的各个人类文明；世界冲突，将更多来自于文明的冲突，在世界关系中，民族国家会担当更重要和常规的角色。 而“文明的冲突”（clash of civilizations）这一词语，最早则来自另一位学者伯纳德.路易斯(Bernard Lewis) 1990年发表在《大西洋月刊》的一篇文章。亨廷顿的未来冲突模式预见到，以后的人们也许不会为了政治、经济利益而发动世界大战，但很可能会团结在不同的文明旗帜下执着地对峙。

    亨廷顿对文明冲突的焦虑在美国新保守主义者（例如副总统迪克·切尼）那里得到了共鸣，“9·11”事件发生后，亨廷顿的文明冲突论述更被奉为时代宝典，还有人撰文说，那些中东的原教旨恐怖分子们也曾带着“认可”的态度拜读了亨廷顿的书。然而无论是新保守主义者和仇视西方的人都误读了亨廷顿。亨廷顿的“文明冲突论”并不是在鼓励文明间的冲突，他只是试图解释文明间的冲突这一事实。他对西方的告诫是不要试图用西方文明去改造非西方文明，他赞同的是文明间的对话、理解与合作，他赞同的是建立在多元文明之上而不是单一文明之上的世界秩序。    

在2004年出版的《我们是谁》，亨廷顿延续了他在文明冲突论中的焦虑，不过这次集中在对美国文化与国民认同上。在其中，他认为现在的美国文化受到挑战，美国人的团结面临威胁，这些挑战和威胁在他看来，主要来自双国籍、流动的跨国商业者、传统宗教社会组织方式的弱化，以及墨西哥移民大量增加和西班牙语言在某些州和国家文化心理上被接受为第二语言。其中乐观的部分是他发现在美国，种族身份感已经远远弱于美国人对美国人身份的认同感。但整体上，这本书给亨廷顿带来了“排外者”评价。

而对中国学界，他的《变化社会的政治秩序》无疑是最具影响力的。在这本被称作曾适度引导了巴西政治转型的书著中，亨廷顿判断：在后殖民时代的转型国家里，政治制度的发展落后于经济和社会发展所带来的变化是最大的矛盾，它也是对政治秩序的严重挑战；在政治制度发展中，政党制度化是核心内容。为了保有秩序，他认为要进行有控制的转型，并且防止过早自由化所带来的被扩大的政治参与要求与落后政治制度的更大矛盾。但批评者认为，当今巴西的政党体系非常不稳定，政党制度化最好的政党也不是在被控制的转型模式下生长的，而现在巴西社会匮乏的市民参与，则可追溯到从上而下的控制型转型。

    《变化社会的政治秩序》是亨廷顿在上世纪60年代写的。巴西是在1985年完成理论意义上的民主政治转型。在中国，共和国从1949年建国至2009年，建国史为60年，仍处在理论上的后殖民时代国家的政治转型过程中。国家体制可以落在严格的强政党政治模式上；政党制度化的发展，依亨廷顿的变化社会分析，扼整个国家政治制度发展之咽喉。而60年建国史和30年经济改革史所带来的社会变化，与发展程度不够高的政治制度和政党制度之间，引发的科学问题是“社会变化导致内生型的政治参与要求”与“政治制度发展相容性”之间的矛盾，还是“控制型转型”与“因而伴生的扩大的政治参与要求”之间的矛盾，抑或是亨廷顿的“过早放松控制会带来扩张的政治参与要求”与“落后政治制度”之间的矛盾，需要中国政治科学者们从“科学发展”的基本立场出发，依据科学的社会实证方法，发现真正的政治科学问题。既然依亨廷顿所言，“秩序如此重要”，那么对什么是基本问题的科学判断，因为它恰恰对我们保有秩序至关重要，所以是一个无法跳过的历史环节。