在井冈山的反围剿斗争中，特别是在毛泽东亲自指挥的三打永新和龙源口激战中，林彪机智灵活、善用疑兵的战术风格赢得了毛泽东的赏识。毛泽东开始注意这位年仅二十一岁的营长。1928年夏，红军在湘赣边界遭受了著名的“八月失败”，但这却给林彪带来了机遇。8月28日，红军早期的领导人袁崇全率部投敌叛变。红四军参谋长兼第28团团长王尔琢单枪匹马追赶袁崇全。袁崇全恼羞成怒，枪杀王尔琢。王尔琢在红四军中是仅次于毛泽东、朱德、陈毅的第四号人物，他的死给红军造成了很大损失。

  毛泽东、朱德决定由林彪接任王尔琢的职务，担任红二十八团团长的重任。二十八团有1900多人，战斗力最强，是红四军中有名的“钢铁团”。委派年轻的林彪任此重职，表明了毛泽东对林彪的器重和希望。严格地说，从林彪担任红二十八团团长后用毛泽东军事思想经历了一系列战争对抗；林彪从战争实践中认识到了毛泽东的过人之处，检验了毛泽东军事理论的卓越之地。1929年春，在红四军高级干部中发生了一场波及全军、异常激烈的争论。在这场争论中，林彪表现出鲜明的立场，站在毛泽东一边。他相信共产党和红军将领里除毛泽东外，无人能摧毁腐朽的蒋家王朝和推翻人民身上的三座大山。

 毛泽东与林彪自1928年在井冈山相识之后，由师生到战友，密切合作是主流。但是，他们之间也有过许多分歧。有些分歧不但没有破坏两人之间的关系，反而为彼此的合作起了推动作用。可以说这种合作在一定程度上影响了整个中国革命。林彪的性格使得他从不隐瞒自己的观点以及对革命现状的担忧，毛泽东则根据自己学识对林彪加以教育和开导。

 毛泽东暂时失去军事指挥权利的时间里，井冈山根据地遭遇一系列战略失败，时为二十八团团长的林彪常说：“早这样打下去，不要说一个井冈山，就是十个井冈山也是会被消灭。”进而，他提出了“红旗到底打得多久？”的问题。毛泽东没过多理会林彪的这些表现，曾对何长工说过：“林彪的说法是小孩之见。”但过了两个月，毛泽东在《中国的红色政权为什么能够存在》一文中，回答了林彪提出的“红旗到底打得多久”的问题。1929年毛泽东提出在游击区建立巩固根据地的主张，在1930年元旦到来之际，林彪又给毛泽东写信，坦叙了自己对时局的看法和心中的困惑，毛泽东给林彪写了回信，这就是著名的《星星之火，可以燎原》一文。毛泽东批评林彪缺乏“建立红色根据地的巩固和扩大去促进全国革命高潮的深刻观念”。

 遵义会议以后，为粉碎强大敌人的围追堵截，毛泽东指挥红军四渡赤水河。取得了战略转移中的决定性胜利。毛泽东曾对陈毅说过，“四渡赤水”是他一生戎马生涯、身经百战中的“得意之笔”。在长征期间，身为红一军团长的林彪对红军的生死存亡做出了巨大的贡献，硬仗，阻击仗几乎都有林彪的身影。

 解放战争初期，在东北战场如何作战的问题上，林与毛之间有过数封电报往来，二人之间常有分歧，战四平和打锦州这些都是最典型的军事案列；由此可见，毛林二人彼此能做到开诚布公，毛泽东对林彪有知遇之恩，而林彪也没有辜负毛泽东对他的期望，并且掌握了毛泽东战略军事思想精髓。

 1950年，在出兵朝鲜的问题上，林与毛之间意见相左。林彪说：“我们刚刚建国不久，百废待兴，国力很弱，没有能力再打仗。特别是我们没有同美军较量过。我还是那个意见，要慎重。”而毛泽东等人眼光看见的是美国一旦侵略完朝鲜，在中国大门上架设一门大炮，那是永久之患。毛泽东曾经说道：“不管是杜鲁门还是艾森豪威尔，他们要打多久，我们就陪他们打多久。一直打到美帝国怕为此。”朝鲜一战下来，足以证明毛泽东的伟大，也是朝鲜一战让中国人和中国军人让世界震撼。

 1969年10月10日，在苏州的林彪向在北京的军委办事组组长、总参谋长黄永胜，发出一个“关于加强备战、防止敌人突然袭击的紧急指示”，要求“立即组织精干的指挥班子，进入战时指挥位置”。这个指示由军委办事组以“林副统帅指示(一号命令)”名义正式下达。当晚，这个命令用电话传达到各作战部队，全军立刻进入紧急临战状态。命令下达的第二天，林彪才用“电话记录”的方式报告毛泽东。

 未经军委主席毛泽东批准，事先又不报告，林彪居然擅自发布这样的军事命令，一夜之间调动全军进入临战状态，这是一个非常严重的事件，也是一个十分危险的信号，不能不引起毛泽东的警觉，作出强烈反应。后来有文章里称叶群曾私下对吴法宪说:“作为写入党章的“接班人”、副统帅、党内第二号人物的林彪，在政府的体系中只是副总理兼国防部长，行政职务低于时任国务院总理的周恩来，这样下去不好处理。”从这点上看，林彪意图谋取国家最高权利地位，似乎是合乎常理的。

 同时，毛林二人的冲突还表现在改善与美国关系的争议上。六十年代末七十年代初，毛泽东在对世界局势的分析上，试图借助中美关系的改善达到遏制苏联威胁的目的。在外交上，以周恩来为主导展开了一系列同美国不卑不亢的外交行动，而这一切林彪并未“共襄盛举”，似乎仍按照他的思路做他想做的事情。

 1971年8月15日，毛泽东离京南下，到中南、华东等省巡视，同各地负责人谈话，他指出：这次在庐山，他们的地下活动、突然袭击，是有计划、有组织、有纲领的。同时又指出，要保护林副主席，当然他要负一定的责任。接下来发生的“九一三事件”，至今仍是未解之谜。究竟是林彪下令发动政变、刺杀毛泽东，还是林立果等人假借林彪名义私自行事；究竟是林彪本人在事情败露之后主动逃往苏联，还是被林立果等人劫持上了飞机；究竟林彪所乘的专机是因为油料不足、迫降意外发生爆炸，还是被导弹击落，诸如此类的疑点，众说纷纭，至今是个谜团。按照官方的说法：“1971年9月5日、6日，在北戴河的林彪、叶群获悉毛泽东南巡谈话内容后，便决定将毛泽东杀害于巡视途中，发动武装政变。7日，林立果向“联合舰队”下达“一级战备”的指令。怎奈事情败露，于是乘飞机北逃国外，然而飞机在蒙古的温都尔汗爆炸坠毁，落得个“折戟沉沙，丧命异国”的下场。”

 曾与林彪共事几十年的将帅们谈到新中国以前的林彪时说：“他比较年轻，实战中的军事天才。”曾任毛泽东卫士长多年的李银桥也说：“林彪来见毛主席时总是正襟危坐，非常尊敬毛泽东主席；”可就是这样一个林彪确制造了一号命令和刺杀毛泽东之迷，至今难有全面合理的解释。无论现代文人把历史怎么样写，无论多少人攻击侮辱毛泽东的伟大一生,无论后人与后世如何自做多情,但这个天下是毛泽东带领第一代领导集体为人民打下的天下，是任何人也无可否认的，连同国内的任何敌人与国际的任何敌人同样不能否认。他们每个人都不是神，只是和我们一样有血有肉的人，历史功过仁者见仁智者见智；