女性不孕，尤其是输卵管性不孕，其原因是多方面的，不过，真正开始把不孕当作沙眼衣原体感染的结果来认识，这还只是近些年的事情。现已证明，这种生殖感染性疾病起源于宫颈管，可波及腹腔，于输卵管内腔、伞端以及周边发病，造成粘连，以致对拾卵和输送卵的功能产生不良影响，进而妨碍妊娠。
有人曾经调查过妇科门诊的病人，发现大约10%能够检测出沙眼衣原体。而且年龄小的年龄组发生率较高，其发生机率随着性伴人数的增加而上升。尤其是青春期少女，其抗原检出率相当高。因为正处于未生育年龄，对以后的妊娠和分娩将会带来严重影响。
一般生殖器官感染是由子宫颈管开始，沿着子宫内腔、输卵管内壁直接到达腹腔。就沙眼衣原体感染而言，比较容易由伞端向盆腔扩散，扩散所经过的部位可发生各种病变，如引起输卵管妊娠、输卵管阻塞以及发生不孕不育等。
沙眼衣原体感染的症状可表现为下腹痛和性交痛。如果此时进行药物治疗，完全可以将感染治愈，进而使可能出现的并发症──输卵管损伤，消灭在萌芽之中。因此，女性不孕症在未发现其他不孕原因时，应首先想到是否感染过沙眼衣原体，并作沙眼衣原体感染抗原检查。
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