台湾县市长选举，蓝营的战果不佳，抨击检讨之声不断，马政府如何面对此次的挫败，以及两岸经济合作架构协议ECFA等重大政策的后续发展深受瞩目。马英九在挫败后展现了勇脚马的气势与风范，他表示将全力推动ECFA，不为选举而调整，马英九并指示主管单位对谈判过程和内容尽量透明化，让社会充分了解。
在马政府的评估中，现在中国大陆对台湾而言，是占贸易额四成的最大贸易地区，台湾与大陆洽签ECFA是无可避免的问题，尤其两岸签署ECFA也有助于台湾与其它国家签署自由贸易协议(FTA)，两岸关系也藉由ECFA而改善，将对东亚的稳定有所贡献。然而这被绿营视为是马政府一厢情愿的做法，因为与中国大陆签了ECFA，未必一定就可藉以推动与他国的自由贸易协议，北京对此事的意向还未明确。
总的来说，两岸洽签ECFA是马英九的既定政策，更是马政府用以区隔与民进党政府不同的重要政策方针，绝不可能因一场地方选举而改变。
马英九面对此次政治生涯的重大挫折，光环的快速殒落，一反过去，表现了强大的意志力，他不承认失败、不认错、也不为此次败选负责，反之他对于推动的ECFA则全速推进，尤其是总统府高层强调，马政府自主政以来，开放大陆学历、开放美国牛肉进口、推动两岸签订ECFA等政策，将不会受到此次三合一地方选举结果的影响，这些既定政策都会按照稳健的步调持续推动。
惟这一连串的政策推动，引来了民间的忧心，在野党据以为反制执政党的手段，民进党在选举期间大打反对ECFA牌，选举结果也显示反对ECFA议题在农业和传统产业县市发挥了作用，对选情造成一定的影响。
固然县市长选举是以地方政绩为主轴，并不能完全表现选民对马政府两岸政策的支持或反对，但是民进党强打ECFA牌，攻击马政府向中国倾斜的两岸政策难以确保台湾主权，加上马英九亲自督军挥战，将此选举操兵为蓝绿对决，马英九的政策必然受检验，尤其是民进党强调两岸签署了ECFA之后，台湾不但主权不保外，更会造成一百六十多万人失业，其中六十多万是农民，因之引起了中南部选民的惶恐。
马英九感受到选民的忧心与疑虑，亲上火线作广告声称要捍卫主权、守护台湾，但这样的呼吁并未见到成效，民进党得票率在选举中大幅提高，显示大三通和两岸经贸的热络交流，对农民和基层民众的生活并未有实质的改善，反而是对经济恶化以及ECFA生效后，经济环境和工作机会的不确定性有极大忧虑，又担心马政府无法强力地拒绝中国农产品及大陆劳工赴台，将大大地影响人民生计。
因之马政府既然将全力推动ECFA的签定，如何化解疑虑取得共识乃是最重要的工作，如果不能消除民进党政治操作的影响，在第四次江陈会会就ECFA进行对话，将牵动明年直辖市的选举，甚至二O一二年总统大选ECFA将持续为选战焦点。
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