在陈水扁任期最后一年被提名，第一位适用2006年修订的《法院组织法》，经过立法院审查通过就职的检察总长陈聪明，在四年任期中的前三年，由于政商关系复杂、被台湾民众普遍质疑纵放陈水扁的「白手套」黄芳彦，及在办案过程中有为财团保驾护航等嫌疑，引起台湾社会极大争议。2010年1月19日，台湾监察院继1月5日第一次以6：6的票数弹劾陈聪明失败后（可见陈聪明在监察院都有极好的关系），再次召开审查会，最终以8:3的票数，通过弹劾陈聪明。陈聪明为避免遭到公惩会更深入的调查，才向法务部长王清峰递出辞呈，成为台湾历史上第一个遭到弹劾下台的检察总长。

陈聪明在检察系统中操守和能力严重的不足是有公评的，我曾跟司法界的老友聊过，大家一提到陈聪明就摇头叹气地说：「居然能让陈聪明这种人坐上检察总长的位子？」连法务部长王清峰也曾公开表示：「如果我是他的话，早就离开了。」但陈聪明却一直厚着脸皮不肯辞职，从表面上看他是恋栈职位，但深层的原因，据很多人有根据地说：「应来自他对某些利益集团的承诺。」在距离任期结束还有一年的时候，陈聪明终遭弹劾下台。但伤害已经造成，台湾检察系统的声望几乎被他消耗殆尽。

陈聪明能当上检察总长，其实是陈水扁和黄芳彦精心设计的结果。2007年，陈水扁先提名了一位在整个检察系统中风评和能力极受肯定的谢文定检察长，让他先成为箭靶子，进入立法院接受审查。谢检察长是一位有风骨的司法人，他因「有所为、有所不为」的答复立法委员质询，导致未能通过立法院审查。之后，陈水扁再提名长袖善舞、政商关系极广的陈聪明。陈聪明则因得到民进党和亲民党的全力支持，并在国民党开放投票下顺利通过审查，如愿地当上检察总长。

陈聪明在任三年，虽然被迫办了陈水扁的案子，但那也是藉由当时特侦组中仅有的几位认真办案的检察官，千辛万苦查证力争出来的。在陈水扁遭起诉后不久，陈聪明便技巧地借势把特侦组里办案能力最强的朱朝亮、吴文忠检察官撤换。此后，特侦组再未办出像样的案子。

台湾社会非常清楚，「二次金改」是陈水扁跟财团掏空台湾的设计，而身为检察总长的陈聪明，在查办扁案及相关案件的过程中，充当了财团的保护者。在中信集团少东辜仲谅被释放交保前十个小时，台湾资深媒体人就得到「陈聪明已跟辜家谈好交保内容」的消息。陈聪明许诺辜家：「不限制辜仲谅人身自由；交保金一亿元。」后来的事实也确实如此。甚至「二次金改」案办到最后，特侦组居然在记者会上公开宣称：「中信辜家也是被害人」，令台湾人民为之气结。

对于陈聪明之前一再地不肯辞职，马英九从来没有做过任何形式的表态，更无撤换之意，这让台湾人民不禁对马英九也产生质疑：「既然能让同样有任期限制的金融改革委员会主委陈树在压力下请辞，为什么要以有『任期保障』为由，容忍陈聪明继续留在检察总长的位子上？」对于马英九在此事上的不作为，台湾民众普遍认为：「马英九无决心清查二次金改弊案，留下陈聪明是为了保护财团。」马英九也因此陷入「除弊无胆」的指责之中。