孙中山逝世后的第三天，遗体被运到北京协和医院进行防腐处理，然后被装殓在一副美式楠木棺中。这是孙中山的第一副棺材。
　　
　　孙中山遗体入殓后不久，孔祥熙嫌这副楠木棺太小，又换了一副大的楠木棺。这副楠木棺为椭圆形，前端呈方形，棺中用玻璃作隔层，揭开棺盖便可瞻仰孙中山的遗容。这是第二副棺材，称楠木玻璃棺。
　　
　　孙中山临终前曾说，愿如列宁那样保存遗体，供后人瞻仰。所以，治丧处向苏联订购水晶馆。该棺的外盖及外层均系钢质镀镍，银光闪亮。但经专家检查，此棺质地较脆，且易于传热，加之长途运输，稍有裂隙，所以没有使用。后停放在北京碧云寺中山纪念堂，供人瞻仰。这是孙中山的第三副棺材。
　　
　　孙中山的第四副棺材是从美国订购的紫铜棺。这副紫铜棺长2.24米，宽0.8米，高0.65米，制作考究，外形精美，价值1.5万两白银，于1925年8月运到上海孙中山先生丧事筹备处。宋庆龄看后很满意。1927年4月，上海葬事筹备处迁到南京，紫铜棺也运到南京。1928年12月30日，紫铜棺被运往北京。
　　
　　1929年5月22日，国民政府在北京西山碧云寺为孙中山举行了隆重的换棺仪式。孙科请协和医院的医生和护士将孙中山的遗体揩拭干净，加裹白绸，并理发，然后由孙科、郑洪年、马湘为其穿了内外衬衣、白绫内裤、白丝袜、黑缎鞋，外加素蓝纱袍、黑素缎马褂、白丝手套。穿戴整理完毕之后，孙中山遗体被小心翼翼地移入紫铜棺内。棺四周放白绸棉垫和白绸丝棉袋，身上盖锦缎方被。1929年6月1日，紫铜棺柩运到中山陵，由孙中山的八名卫士抬入墓穴安葬。
　　
　　易换下来的那副楠木玻璃棺，放入了孙中山的衣服、鞋袜后，被封入北京西山碧云寺石塔内，立法院长胡汉民为之题写了"孙中山先生衣冠冢"石碑。第一副楠木小棺则存放在北京中法中学。