“一个人心中存有不想人知的秘密时，他会一个人跑进深山里，在一棵树上挖一个洞，对着那个洞说出这个秘密，然后用湿泥把冻口封死，那个秘密就可以永远被保藏。”2046就是一个树洞，男人隐伤的符号。
　　2046是一个“房间”的号码。在2046一切回忆都是不变的，只要到达那里就可以找回过去的记忆。——2046年，世界各地均连在一条发达的交通网络上，有一趟列车往返在2046与过去之间。从2046年可以到达任何想去的过去。但是从任何过去到2046去寻找回忆的人都不可能再回去。而那个日本男青年（木村饰）是个例外，他从2046成功返回了，然而仍旧那样迷惘。他始终无法确定王靖文是否爱他，因为在2046里她到最后也未答应跟他走。
　　连接着2046的天台一角，从最开始王靖文夕阳漫天下在那里咿呀走动，到阳光里王家二小姐天真的微笑着坐在墙檐上吃冰淇淋，再到痴怨重重的交际花依在夜幕的霓虹里点着一支烟，不断变换主角，却始终摆脱不了一片阴影。2046注定是失败的终点。
　　2046里唯一一段真爱发生在那个日本男青年和王靖文之间。但这段感情刚开始便被老板破坏了，他不允许女儿嫁给一个日本人，一个漂泊的日本人。后来这对恋人试图打败2046这个壁垒重修旧好，最终却是徒劳。真爱在那里变的虚幻，相恋的双方也开始无休的怀疑一切，于是王靖文可以对那个日本青年重复说一个街道名称三遍仍担心他记不住，当她的恋人问她愿不愿意跟他走时，她只是含着泪一言不发。那个日本青年走后，王靖文还终日在2046里走来走去，用日语咿呀：“跟我走”“可以吗？”“跟我走”“可以吗？”。一切无法确定，也不能被确定。
　　在2046回忆都是不变的，深种的情节.